Coverage for openhcs/omero/__init__.py: 0.0%

1""" 

2OMERO integration module for OpenHCS. 

3 

4This module provides OMERO server integration including: 

5- Virtual backend for server-side execution 

6- OMERO microscope handler for native metadata 

7- Instance manager for automatic OMERO startup 

8- Docker Compose configuration for local testing 

9 

10Core implementation files remain in their standard locations: 

11- Backend: openhcs.io.omero_local 

12- Microscope: openhcs.microscopes.omero 

13- Runtime: openhcs.runtime.omero_instance_manager 

14 

15This module provides convenience imports and OMERO-specific infrastructure. 

16""" 

17 

18# Re-export core OMERO classes for convenience 

19from openhcs.io.omero_local import OMEROLocalBackend, OMEROFileFormatRegistry 

20from openhcs.microscopes.omero import ( 

21 OMEROMetadataHandler, 

22 OMEROFilenameParser, 

23 OMEROHandler 

24) 

25from openhcs.runtime.omero_instance_manager import ( 

26 OMEROInstanceManager, 

27 DEFAULT_OMERO_HOST, 

28 DEFAULT_OMERO_PORT, 

29 DEFAULT_OMERO_WEB_PORT, 

30 DEFAULT_OMERO_USER, 

31 DEFAULT_OMERO_PASSWORD 

32) 

33 

34__all__ = [ 

35 # Backend 

36 'OMEROLocalBackend', 

37 'OMEROFileFormatRegistry', 

38 

39 # Microscope 

40 'OMEROMetadataHandler', 

41 'OMEROFilenameParser', 

42 'OMEROHandler', 

43 

44 # Instance Manager 

45 'OMEROInstanceManager', 

46 'DEFAULT_OMERO_HOST', 

47 'DEFAULT_OMERO_PORT', 

48 'DEFAULT_OMERO_WEB_PORT', 

49 'DEFAULT_OMERO_USER', 

50 'DEFAULT_OMERO_PASSWORD', 

51] 

52